Der zentrale Prozessor des ersten iPod wird von PortalPlayer hergestellt, die auch das Referenzdesign für den portablen MP3-Player entwarfen, welcher nach Apples Einstieg zum iPod wurde. PortalPlayer war auch an der Entwicklung der Benutzeroberfläche des iPods beteiligt, an der die Firma Pixo mitgearbeitet hat. Ähnlich wie die Hardware hat Apple auch die Betriebssystem-Software des iPods eingekauft und an die eigenen Bedürfnisse angepasst. In der ersten Generation lag dem Player eine Software namens Pixo OS zugrunde, welche von der gleichnamigen Firma Pixo speziell für MP3-Player produziert wurde. Aufgrund einiger Differenzen zwischen Pixo und Apple wurde die Entwicklung der Software angeblich nebst den daran arbeitenden Mitarbeitern von Apple aufgekauft.

Mit der Einführung der iPods dritter Generation wechselte Apple zu einem Betriebssystem namens RTXC. RTXC lässt sich aufgrund seiner Einsatzfähigkeit auf diversen Mikroprozessoren und DSP-Chips auch gut an zukünftige Geräte anpassen, zumal mit der Unterstützung von Multitasking auch künftige Erweiterungen leicht entwickelt werden können. So verwundert es auch niemanden, dass Apple dieses OS vollständig an Hardware und Design angepasst hat. Als neuster Clou hielt speziell angepasste Version von Mac OS X Einzug in die neueren iPod Modelle und in das iPhone. In einem Meeting zum Launch des iPhone gab Steve Jobs unter anderem bekannt, dass die Planung die Umstellung weiterer oder gar aller zukünftigen iPods auf OS X geplant ist.

Software für das iPhone ist ein ganz neues Thema. Leider wurden in der Vergangenheit Zusatzprogramme für das iPhone seitens Apple nicht gerade willkommen geheissen. Deshalb haben viele Entwickler andere Möglichkeiten gesucht, wie man das iPhone noch praktischer machen kann. Momentan gibt es jedoch hauptsächlich Computerprogramme, die eher spaß- und entertainmentorientierten Nutzer ansprechen. In naher Zukunft versprechen die meisten Hersteller jedoch, wird es auch Business-Software geben. Momentan gibt es zum beispiel Videokonverter, die Urlaubsvideos, Handyclips, YouTube Movies oder Kinofilme so umwandeln, dass man sie problemlos mobil und überall genießen kann. Das Ausgangsformat spielt dabei in den meisten Fällen keine Rolle.